De Vrije School Zeeland gaat uit van de Stichting Vrije School Zeeland, gevestigd te Middelburg. Omdat de VSZ de enige school is die onder deze stichting valt is er sprake van een zogenaamde éénpitter. De bestuurder van de stichting en tevens directeur van de school is Sanneke Kerklaan.

Op het bestuur wordt toegezien door een Raad van Toezicht. Deze bestaat uit:

• Joachim Verhoeyen (voorzitter)
• Judith den Boer (secretaris)
• Guido van Liere (lid)
• Wil Wouters (lid)
• Ilona Vervloet (lid)
  
• Marcel Kaptein (lid)